Em Qlik Sense Enterprise, as permissões de acesso voltadas a aplicativos devem ser feitas pela STREAM (Fluxo). No seu caso, como existe uma diretriz para não ter outra stream, você terá que trabalhar nos modelos de dados de ambas aplicações e fazer a redução de dados, de modo que ao carregar os dados nos apps, já sejam aplicados os devidos filtros.
Porém isto não impedirá dos usuários abrirem o aplicativo. A recomendação de melhor e mais rápida solução (além de facilitar a governança das informações e suporte) é utilizar fluxos diferentes.
