Hola,
Deberías utilizar tanto section application como section access en la carga del script para controlar, respectivamente, los usuarios y contraseñas que tienen acceso al documento, y los datos a los que pueden acceder una vez estén dentro del documento. Tienes documentación y ejemplos en la carpeta Documentación dentro de QlikView.
Aparte, en las propiedades de hoja y documento tienes pestañas de seguridad con los que puedes indicar qué y qué no dejas hacer a los usuarios con tu documento.
La seguridad también dependerá de si los usuarios tienen acceso físico al documento QVW o si acceden a él a través de un servidor (plugin para IE, etc).
Saludos.