Porque Qlikview no puede exportar directamente a archivos de EXCEL con la extensión XLS, sino que lo exporta con la extensión CSV cuando las filas sobrepasan los 100000?
Es un límite de Windows/Office. El formato XLS solo soporta 65000 filas. A partir de entonces, Qlik cambia el formato de exportación a CSV, que puedes consumir igualmente en Excel en versiones superiores.
Probablemente, aunque no tengo forma de probarlo, y si esas exportaciones son habituales, la instalación en el servidor del "Microsoft Access Database Engine" donde se encuentre QlikView, correspondiente a la versión de Office que utilices, permita la creación de ficheros XLSX y por tanto, ampliar el límite a 1 millón de filas.