Olá Rafael,
Realmente não há essa opção para criação de pastas nas conexões, seria de fato uma boa opção para melhor organizar.
O que acabava fazendo era criar algum tipo de convenção de nomes que seriam as "pastas" que você mencionou.
A única opção de pasta que existe até onde me lembro é na questão de onde o relatório é salvo.
Espero que ajude,
Felipe.
