Seria mas facil si nos mostraria su data load script, pero probablemente es tan facil como poner REPLACE() alrededor del numero viniendo de la fuente de los datos. Seria algo como:
TablaEnQlikSense:
LOAD Campo1, Campo2, REPLACE(CampoNumerico,',','') as CampoNumerico;
SQL SELECT Campo1, Campo2, CampoNumerico
FROM Tabla;
Eso reemplazaria la comilla en el formato del numero.