Hola .
Ese error se suele producir cuando te quedas sin memoria en el equipo.
Al menos a mi me ha pasado alguna vez. Si ves el log, seguramente no haya ningún error.
Como dice Rubén, la clave puede estar en que te está generando varias tablas con el mismo nombre y no las borras. entonces intentará unirlas con claves sintéticas.
Borra cada una de ellas tan pronto como deje de ser útil.
Intenta ejecutar el script en un equipo con más memoria y cuéntanos el resultado.
