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Porque Qlikview no puede exportar directamente a archivos de EXCEL con la extensión XLS, sino que lo exporta con la extensión CSV cuando las filas sobrepasan los 100000?
Es un límite de Windows/Office. El formato XLS solo soporta 65000 filas. A partir de entonces, Qlik cambia el formato de exportación a CSV, que puedes consumir igualmente en Excel en versiones superiores.
Probablemente, aunque no tengo forma de probarlo, y si esas exportaciones son habituales, la instalación en el servidor del "Microsoft Access Database Engine" donde se encuentre QlikView, correspondiente a la versión de Office que utilices, permita la creación de ficheros XLSX y por tanto, ampliar el límite a 1 millón de filas.
Aquí puedes encontrar información adicional: https://support.qlik.com/articles/000040322 (QlikView November 2017 Export to XLSX)
EDIT: Añado para más detalles https://support.qlik.com/articles/000002491 (Export to Microsoft Excel's XLS and XLSX file limits rows and columns)