Hola Alejandro, si no se indica nada debería coger los 2 millones. Lo que no sabría decirte es el motivo exacto sin poder echar un vistazo al fichero, pero no es un comportamiento normal, he llegado a cargar archivos más pesados sin encontrar limitaciones.
Por comentar posibilidades... habría que confirmar que el fichero contiene los 2 millones, y que los registros están correctamente separados. También puede que esté encontrado un <end_of_file> antes de tiempo.
Puedes probar a hacer una copia del fichero quitando algunos registros y comprobar si te recupera el mismo número de registros. Si el nº cargado también se ha reducido te podría confirmar que no se está limitando un nº específico de registros y que para Qlik se está llegando hasta el final del fichero.
