Hola Daniel,
La información de la asignación de licencias de documento generalmente se almacena en los ficheros .Shared y .Meta que corresponden con el mismo nombre de fichero .QVW. Es decir, si borras estos ficheros sin eliminar antes la asignación de licencias, o los borras antes de que pase el periodo preceptivo de 24 horas, QlikView entiende que las licencias siguen asignadas.
¿Es posible que se haya borrado o cambiado de nombre algún fichero que tuviera esas licencias asignadas? Si es así, pero los ficheros .Shared y .Meta persisten, abre QlikView Desktop, crea un fichero nuevo vacio con el mismo nombre y asegúrate, desde la consola, de que las licencias siguen ahí y puedes eliminarlas.
Te recomiendo en todo caso ponerte en contacto con tu Partner Manager o Account Manager para revisar el caso en particular y tomar la mejor decisión.
Espero que te sirva.
Miguel